Die Orgel in der Marienkirche wurde 1866 von dem Orgelbauer Friedrich A. Mehmel aus Stralsund gebaut. Mehmel war unter anderem Schüler von Friedrich Ladegast, der ihm Kenntnisse vom zeitgenössischen französischen Orgelbau (Cavaillé-Coll) vermittelte. Diese Einflüsse spiegeln sich auch in der Orgel der Greifswalder Marienkirche.